Манастирска клисура има древна история. Първите хора я заселват през ранните праисторически епохи. Те обитават пещерите на масива Боруна и кухините в скалния венец Поличките. Най-старо е поселението на първобитния човек в пещера “Бачо Киро”, което датира от средния и късния период на старокаменната епоха (100 000 – 10 000 г. пр. н. е.). Археолозите проучват 5-метров културен пласт и разкриват над 6000 находки.
